はじめに
シングルセル解析を行うにあたってデータが返ってきました。
そのため、GSEAを行い、遺伝子二群間の比較を行うこととしました。
GSEA ダウンロード
シングルセル解析のデータを用いて、二群間の遺伝子群解析をするためにGSEAを用いて解析していきたいと思います。
まず、GSEA ダウンロード
1. 下記のURLから自前のPCにGSEAをインストールできます。
GSEA | MSigDB
www.gsea-msigdb.org
URLから下記サイトへ移行できます。
そこの【Downloads】からダウンロードサイトへ行きます
次に、ダウンロードしていきます。
下記のように、Mac、Windowsそれぞれのダウンロードリンクが用意されております。
そこをクリックしてダウンロードします。
ダウンロードが終わると、ダウンロードファイルをクリックすると、インストールが開始されます。
ライセンスに同意して、Nextをクリック
次に、Installでインストールしていきます。
インストールが終了すると、GSEAを起動することが出来ます。
左下でGSEAと検索すると、アプリが表示されるので、それをクリックして起動します。
GSEAのHOME画面が表示されます。
次で、gctファイル、pclファイルが必要となるので、作成していきたいと思います。
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