はじめに
実際にJMPを用いてボルケーノプロットを作成してみました。
Volcano Plot作成
JMPに入っているサンプル＜Drosophila Aging＞を使用しています。
JMP解説の最新版はJMPによるデータ分析 第3版
まずは、分析を選択
遺伝子発現を＜Y欄＞に選択し、Xには分けたい2群が入っている列を選択します。
この場合は、遺伝子型＜ORE or SAM＞によって遺伝子発現の変動を見ていくこととなります。
OKをクリックすると、下記の2つ（応答のスクリーニング、PValue）が出現します。
まずは下の矢印の射している、赤三角をクリック
平均の比較を保存を選択
下記が出現。
ここではDifferenceが出現しています。
次に、表を結合させます。
最初に出てきたPValueという表と、先ほど出現させたDifferenceの入った無題の表を結合させます。
無題2と書いた表の＜テーブル＞をクリックして結合を選択。
Pvaluesを選択し、下のYとYを選択。
対応という下図の赤丸部分をクリックし＜Y=Y＞を出現させます。
OKを選んで、表が結合されます。
OKの前に下の青四角みたいに、Volcanoなどと入れると、Volcanoという表が完成します。
下記のように結合された表が完成します。
そこでグラフを選択して、グラフビルダーから作成していきます。
この画面から、左欄のDifferenceをX軸にドロップ。
同様にY軸に、FDR Log Worthをドロップ。
下矢印部分を選択すると、ラインが消えます。
完成。
ちなみに、グラフのコピーの仕方は、グラフ内で右クリックし、下図のようにグラフのコピーを選択すれば出来ます。
ちなみに、プロットは検索した一つ一つの遺伝子になります。
・左右に散らばるほど、2群間のある遺伝子の発現の違いが大きく、
・上に行くほど、その遺伝子は有意な差を持って発現差が存在する
ことになります。
最後に
わかりやすく統計のことが載っています。どちらかというと基礎の本ですが、意外と知らなかったこともあるかと思います。下記リンクから見てくださればと思います。
下記にはRで書く箱ひげ図の書き方です。RといってもWebサイト内で簡単に書けます。良ければどうぞ。
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