はじめに
シングルセル解析を行うにあたってデータが返ってきました。
そのため、GSEAを行い、遺伝子二群間の比較を行うこととしました。
GSEA ダウンロード
シングルセル解析のデータを用いて、二群間の遺伝子群解析をするためにGSEAを用いて解析していきたいと思います。
まず、GSEA ダウンロード
1. 下記のURLから自前のPCにGSEAをインストールできます。
GSEA | MSigDB
URLから下記サイトへ移行できます。
そこの【Downloads】からダウンロードサイトへ行きます
![](https://i1.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/05/GSEA ダウンロード クリック.png?fit=1024%2C653&ssl=1)
次に、ダウンロードしていきます。
下記のように、Mac、Windowsそれぞれのダウンロードリンクが用意されております。
そこをクリックしてダウンロードします。
![](https://i1.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/05/GSEA ダウンロード Windows.png?fit=1024%2C610&ssl=1)
ダウンロードが終わると、ダウンロードファイルをクリックすると、インストールが開始されます。
ライセンスに同意して、Nextをクリック
![](https://i1.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/05/GSEA インストール.png?fit=1024%2C590&ssl=1)
次に、Installでインストールしていきます。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/05/GSEA インストール 2.png?fit=1024%2C710&ssl=1)
インストールが終了すると、GSEAを起動することが出来ます。
![](https://i1.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/05/GSEA 起動.png?fit=1024%2C814&ssl=1)
左下でGSEAと検索すると、アプリが表示されるので、それをクリックして起動します。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/05/GSEA HOME.png?resize=708%2C538&ssl=1)
GSEAのHOME画面が表示されます。
次で、gctファイル、pclファイルが必要となるので、作成していきたいと思います。
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