はじめに
実際にJMPを用いてボルケーノプロットを作成してみました。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-21-1.png?resize=703%2C501&ssl=1)
Volcano Plot作成
JMPに入っているサンプル<Drosophila Aging>を使用しています。
JMP解説の最新版はJMPによるデータ分析 第3版
まずは、分析を選択
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-10-1.png?resize=414%2C466&ssl=1)
遺伝子発現を<Y欄>に選択し、Xには分けたい2群が入っている列を選択します。
この場合は、遺伝子型<ORE or SAM>によって遺伝子発現の変動を見ていくこととなります。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-9-1024x498-1.png?resize=1024%2C498&ssl=1)
OKをクリックすると、下記の2つ(応答のスクリーニング、PValue)が出現します。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-13-1.png?resize=244%2C132&ssl=1)
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-12-1.jpg?resize=710%2C606&ssl=1)
まずは下の矢印の射している、赤三角をクリック
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-14-1.png?resize=249%2C200&ssl=1)
平均の比較を保存を選択
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-15-2.png?resize=532%2C336&ssl=1)
下記が出現。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-16-1024x737-1.jpg?resize=1024%2C737&ssl=1)
ここではDifferenceが出現しています。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-17-1024x729-1.jpg?resize=1024%2C729&ssl=1)
次に、表を結合させます。
最初に出てきたPValueという表と、先ほど出現させたDifferenceの入った無題の表を結合させます。
無題2と書いた表の<テーブル>をクリックして結合を選択。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-19-1.png?resize=598%2C474&ssl=1)
Pvaluesを選択し、下のYとYを選択。
対応という下図の赤丸部分をクリックし<Y=Y>を出現させます。
OKを選んで、表が結合されます。
OKの前に下の青四角みたいに、Volcanoなどと入れると、Volcanoという表が完成します。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-20-1.png?resize=778%2C706&ssl=1)
下記のように結合された表が完成します。
そこでグラフを選択して、グラフビルダーから作成していきます。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-22-1.png?resize=814%2C430&ssl=1)
この画面から、左欄のDifferenceをX軸にドロップ。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-24-1.png?resize=960%2C616&ssl=1)
同様にY軸に、FDR Log Worthをドロップ。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-25-1.png?resize=960%2C614&ssl=1)
下矢印部分を選択すると、ラインが消えます。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-26-1.png?resize=912%2C623&ssl=1)
完成。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-27-1.png?resize=703%2C501&ssl=1)
ちなみに、グラフのコピーの仕方は、グラフ内で右クリックし、下図のようにグラフのコピーを選択すれば出来ます。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-28-1.png?resize=960%2C602&ssl=1)
ちなみに、プロットは検索した一つ一つの遺伝子になります。
・左右に散らばるほど、2群間のある遺伝子の発現の違いが大きく、
・上に行くほど、その遺伝子は有意な差を持って発現差が存在する
ことになります。
![](https://i0.wp.com/totyokunikki.com/wp-content/uploads/2020/12/image-30-1.png?resize=741%2C528&ssl=1)
最後に
わかりやすく統計のことが載っています。どちらかというと基礎の本ですが、意外と知らなかったこともあるかと思います。下記リンクから見てくださればと思います。
下記にはRで書く箱ひげ図の書き方です。RといってもWebサイト内で簡単に書けます。良ければどうぞ。
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