はじめに
今回は、Volcano spotについて勉強したいと思います。
実際グラフをみて難しそうと思いました。
調べても簡単な説明は見つかりませんでした。。
ですので、勉強したことを超簡単に記事にしてみました。
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Volcano spotとは
難しい話から入ります。分からなければ、次の＜Volcano spotの読み方＞の項目だけで思います。
では、
AとB。この2つのグループが違うものかどうか。違っていると証明するにはどうしたら良いでしょうか。統計学はそれを調べることが出来ます。統計学的な差として認識できます。
その統計学的な差と、どれくらいAとBは違っているか。
それは全くの別物です。統計学的な差は、どれくらいの確率で違っているかということを示せますが、どれくらい違っているかは示せません。
例えば、りんごとみかんについて比べます。
この2つが99%違うものだ！などは統計学的な差として認識できますが、
何が違うのかは統計学的な差では説明できません。（個数や色、形などそれぞれの要素を用いてさらに統計学を用いては説明できます。）
これを統計学的な差とどれくらい違うのかを同時に図示し説明しようとするのが、Volcano plotです。
volcano プロット は、すべての個体/特性マトリックスで、統計的効果をy軸に、生物学的効果をx軸に配した散布図である。唯一の制約は、2水準の質的説明変数の水準間の差を検討することだけが実行できることである。
Y軸にp値（統計学的な差）。見やすくするため-log10が用いられる。
X軸に平均値。どれくらいの差があるのかを座標を取る。
Volcano plot読み方 超簡単に
- Y軸（縦）方向に伸びていれば、優位に差があると言いやすい
- （確率的に偶然ではなく必然的に差が生まれている）
- X軸（横）方向に2群が離れれば、2グループの違いが大きい
- （2群間の差は小さくなくて、大きく違っている）
と言える。
JMPでのvolcano plotの書き方はこちらのサイトがわかりやすいかと思います。
日本語に勝手に変換されますが、日本語は読みにくいので、言語を英語に変換すると読みやすいです。下の赤丸部分から言語選択できます。
日本語がいい場合でも、英語にしてGoogle翻訳する方がまだ読みやすいですね。
How to Build a Volcano Plot in JMP!
私が実際にJMPでやってみたボルケーノプロットの作成方法はこちら
実際にJMPでやってみて一つ一つ画像を多く載せてわかりやすく解説していますので、見ていってください。
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